Le CIR se gagne sur pièces.
Encore faut-il distinguer recherche fondamentale, recherche appliquée, développement expérimental et simple innovation, puis rattacher chaque dépense au bon dispositif. En 2026, le cadre de référence demeure l’article 244 quater B du CGI, complété par l’annexe III et par la doctrine administrative, notamment sur le périmètre des dépenses, les plafonds, les annexes déclaratives et les garanties de rescrit. l’article 244 quater B du CGI sur Légifrance et la fiche officielle impots.gouv.fr sur le CIR et le CII.
Important : ce contenu est purement informatif. L’éligibilité d’un projet, d’une équipe, d’un sous-traitant ou d’une dépense dépend toujours des faits propres au dossier et ne doit jamais être présumée sans vérification préalable. Ce contenu ne constitue pas une consultation juridique : chaque situation doit faire l’objet d’une analyse individualisée par le cabinet.
Le cadre juridique du CIR et du CII en 2026
Le crédit d’impôt recherche bénéficie aux entreprises industrielles, commerciales ou agricoles imposées selon leur bénéfice réel, ainsi qu’à certaines entreprises exonérées, pour leurs dépenses de recherche exposées au cours de l’année. Le taux de droit commun est de 30 % jusqu’à 100 millions d’euros de dépenses de recherche, puis de 5 % au-delà. Dans les départements d’outre-mer, le taux de la première tranche est porté à 50 %.
Le crédit d’impôt innovation, pour sa part, est réservé aux PME au sens du droit de l’Union européenne. Il vise les opérations de conception de prototypes ou d’installations pilotes de nouveaux produits, avec un taux de 20 % et un plafond annuel de 400 000 euros. En France continentale, ce plafond borne donc le crédit à 80 000 euros au taux de droit commun, hors majorations territoriales.
Ce qui relève de la recherche au sens du texte
L’article 49 septies F de l’annexe III du CGI distingue trois familles d’opérations de recherche scientifique ou technique : la recherche fondamentale, la recherche appliquée et le développement expérimental. Le développement expérimental suppose l’usage de prototypes ou d’installations pilotes afin de réunir les éléments techniques nécessaires à une décision en vue d’un nouveau produit ou d’une amélioration substantielle. (legifrance.gouv.fr)
Ce qui relève de l’innovation au sens du CII
Pour le CII, le nouveau produit doit ne pas encore être mis à disposition sur le marché et se distinguer des produits existants ou antérieurs par des performances supérieures sur le plan technique, de l’écoconception, de l’ergonomie ou des fonctionnalités. Le prototype ou l’installation pilote n’est pas destiné à être commercialisé en tant que tel. La doctrine précise aussi que seules les activités de configuration et d’ingénierie indispensables à la réalisation du prototype peuvent entrer dans le dispositif. Une simple fabrication matérielle d’un prototype déjà entièrement conçu ne suffit pas.
Ce qui a changé depuis la loi de finances pour 2025
- Le forfait de fonctionnement appliqué aux dépenses de personnel est passé de 43 % à 40 % pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025. (bofip.impots.gouv.fr)
- Le dispositif jeunes docteurs a été supprimé pour le CIR.
- Le CII a été prorogé jusqu’au 31 décembre 2027 et son taux de droit commun est désormais de 20 % pour les dépenses exposées à compter du 1er janvier 2025.
La synthèse officielle de ces aménagements figure dans la note BOFiP consacrée aux aménagements de 2025.
Quelles dépenses sont éligibles au crédit d’impôt recherche ?
Le tableau ci-dessous résume les postes qui reviennent le plus souvent en pratique. Il ne remplace pas une qualification au cas par cas, mais il permet de distinguer les dépenses qui peuvent entrer dans l’assiette du CIR de celles qui en sont exclues ou encadrées par des plafonds spécifiques.
Tableau de synthèse des dépenses éligibles
| Catégorie | Règle 2026 | Point de vigilance |
|---|---|---|
| Immobilisations de recherche | Les dotations aux amortissements des immobilisations créées ou acquises à l’état neuf et directement affectées à la recherche sont prises en compte. | Les immeubles acquis ou achevés avant le 1er janvier 1991 restent exclus. |
| Personnel de recherche | Les rémunérations des chercheurs et techniciens directement et exclusivement affectés aux opérations de recherche entrent dans la base, ainsi que les rémunérations supplémentaires et justes prix versés aux salariés inventeurs. | Le forfait de fonctionnement est calculé à hauteur de 75 % des amortissements et 40 % des dépenses de personnel et d’inventeur. |
| Sous-traitance agréée | Les dépenses confiées à des organismes, experts, entreprises ou bureaux d’études agréés peuvent être retenues, sous réserve des plafonds légaux. | La base est limitée à trois fois le montant des autres dépenses de recherche, avec un plafond global de 2 millions d’euros, porté à 10 millions d’euros en l’absence de lien de dépendance. |
| Normalisation | Les dépenses de normalisation afférentes aux produits de l’entreprise sont prises en compte pour moitié. Les autres dépenses sont forfaitairement fixées à 30 % des salaires concernés, avec un forfait journalier de 450 euros pour certains dirigeants et associés. | Il faut bien documenter les réunions officielles de normalisation et rattacher les coûts au produit concerné. |
| Innovation PME | Pour les PME, le CII couvre les dépenses liées à la conception de prototypes ou d’installations pilotes de nouveaux produits, dans la limite de 400 000 euros par an. | Le même coût ne peut pas être retenu à la fois au titre du CIR et du CII. Les dépenses de brevet, de dessin et modèle restent encadrées par le texte et doivent être rattachées au bon bloc. (bofip.impots.gouv.fr) |
Deux exclusions pratiques méritent une attention particulière. D’une part, les subventions publiques reçues à raison des opérations ouvrant droit au crédit sont déduites de la base, puis réintégrées si elles sont remboursées. D’autre part, les dépenses de conseil facturées pour l’obtention du crédit sont déduites de la base de calcul, en totalité lorsque leur rémunération est fixée en proportion du montant du crédit et, pour les autres frais de conseil, à hauteur de la fraction qui excède le plus élevé des deux montants suivants : 15 000 euros hors taxes ou 5 % des dépenses éligibles minorées des subventions publiques.
Quelles dépenses relèvent du crédit d’impôt innovation ?
Le CII n’est pas un simple prolongement du CIR. Il vise des travaux de prototype ou d’installation pilote menés par des PME sur un nouveau produit, avec un périmètre propre, un plafond autonome et une logique de preuve différente. Il faut donc isoler la phase de recherche, qui relève du CIR, de la phase de conception du prototype, qui peut relever du CII, sans double emploi entre les deux dispositifs.
Le texte actuel retient pour le CII cinq catégories de dépenses, visées aux 1°, 2°, 4°, 5° et 6° du k, le 3° ayant été abrogé : les dotations aux amortissements des immobilisations affectées aux opérations de conception, les dépenses de personnel, les dotations aux amortissements et frais de prise et de maintenance de brevets et de certificats d’obtention végétale ainsi que les frais de dépôt de dessins et modèles, les frais de défense de ces titres, et les dépenses confiées à des entreprises ou bureaux d’études et d’ingénierie agréés. À l’exception des frais mentionnés aux 4° et 5° du k, ces dépenses doivent correspondre à des opérations localisées dans l’Union européenne ou dans l’Espace économique européen ayant conclu avec la France une convention d’assistance administrative.
En pratique, le CII peut être utile lorsqu’une PME met au point un objet encore absent du marché, mais déjà suffisamment avancé pour nécessiter un prototype testable. En revanche, une simple adaptation esthétique ou un effort commercial ne suffit pas.
Comment calculer le CIR et le CII, étape par étape ?
- Identifiez les dépenses de recherche ou d’innovation directement rattachables à un projet éligible, puis écartez les dépenses de simple exploitation, de production courante ou de conseil non admissibles.
- Ajoutez, pour le CIR, les amortissements, le personnel, les rémunérations d’inventeurs, les dépenses externalisées et les autres postes expressément prévus par le texte.
- Appliquez, pour le CIR uniquement, le forfait de fonctionnement de 75 % des amortissements et 40 % des dépenses de personnel et d’inventeurs, le forfait de fonctionnement du CII ayant été abrogé (3° du k du II de l’article 244 quater B du CGI).
- Retirez les subventions publiques et, le cas échéant, les montants qui doivent être exclus au titre des prestations de conseil pour l’obtention du crédit.
- Multipliez la base nette par le taux applicable, soit 30 % pour le CIR dans la limite de 100 millions d’euros, 5 % au-delà, ou 20 % pour le CII dans la limite de 400 000 euros, avant majorations territoriales.
Exemple chiffré pour une PME : une société supporte, sur l’exercice 2026, 120 000 euros de personnel de recherche, 40 000 euros d’amortissements, 25 000 euros de sous-traitance agréée et 10 000 euros de subventions publiques à déduire. Le forfait de fonctionnement s’établit à 78 000 euros, soit 40 000 x 75 % + 120 000 x 40 %. La base CIR ressort donc à 253 000 euros, et le crédit à 75 900 euros au taux de 30 %. Pour un prototype distinct, 80 000 euros de dépenses CII donneraient un crédit de 16 000 euros au taux de 20 %.
Si le dossier est situé en outre-mer ou en Corse, les taux et, le cas échéant, les plafonds doivent être retraités selon les dispositions spécifiques du CGI. Il ne faut donc jamais reprendre un exemple continental sans vérification préalable du territoire d’exploitation.
Déclarer, documenter et conserver les pièces utiles
Le support central est le formulaire 2069-A-SD, millésime 2026, CERFA n° 11081*28. Pour les sociétés à l’IS, il est déposé dans le même délai que le relevé de solde 2572-SD. Pour les entreprises relevant de l’IR, il suit la déclaration annuelle de résultats et le report sur 2069-RCI-SD et, selon les cas, sur 2042 C-PRO. (impots.gouv.fr)
Les formulaires à connaître
| Formulaire | Utilité | Point clé |
|---|---|---|
| 2069-A-SD | Déclaration spéciale du CIR, du CII et, le cas échéant, du CRC. (impots.gouv.fr) | À déposer avec la déclaration de résultats ou le relevé de solde, selon le régime d’imposition. |
| 2069-A-1-SD | État annexe renforcé pour les entreprises dont les dépenses de recherche dépassent 10 millions d’euros. | Au-delà de 100 millions d’euros, il faut en plus décrire les travaux de recherche en cours, les moyens humains et matériels et leur localisation. |
| 2069-A-2-SD | État annexe des prestataires ou sous-traitants agréés auxquels des opérations ont été confiées. | Il est utile dès qu’une partie du projet a été externalisée. |
| 2069-RCI-SD | Déclaration des réductions et crédits d’impôt. | Le montant calculé sur 2069-A-SD y est reporté avant imputation ou restitution. |
| 2042 C-PRO | Déclaration complémentaire pour les entreprises imposées à l’IR. | Elle concerne la quote-part revenant aux exploitants individuels ou associés personnes physiques. |
Pour une société à l’IS clôturant le 31 décembre 2025, le relevé de solde 2572-SD est à déposer au plus tard le 15 mai 2026, et la 2069-A-SD suit ce même calendrier. Pour un exercice clos en cours d’année, la date de principe est le 15 du quatrième mois suivant la clôture. (impots.gouv.fr)
Si vous êtes dans un groupe fiscal, la société mère télédéclare sa propre déclaration 2069-A-SD ainsi que celles de ses filiales, le crédit étant déterminé au niveau de chaque société membre, et mentionne le montant du crédit d’impôt sur l’imprimé 2058-CG. Les filiales sont dispensées d’annexer leur propre déclaration spéciale à leur déclaration de résultats.
Si vos dépenses de recherche dépassent 10 millions d’euros, l’état annexe 2069-A-1-SD devient obligatoire. Au-delà de 100 millions d’euros, l’absence de l’état descriptif des travaux de recherche est sanctionnée par une amende de 1 500 euros, tandis que les omissions ou inexactitudes sont punies de 15 euros par omission ou inexactitude, dans la limite de 10 000 euros.
Les entreprises créées depuis moins de deux ans qui demandent le remboursement immédiat du CIR ou du CRC doivent joindre des pièces justificatives permettant d’établir la réalité des dépenses, notamment les contrats, factures, DADS et feuilles de paie des chercheurs et techniciens. Ce point est particulièrement important lorsque la créance est appelée à être restituée plutôt qu’imputée.
Comment sécuriser l’éligibilité face à un contrôle fiscal ?
Le meilleur réflexe reste le rescrit. L’article L. 80 B du LPF prévoit une prise de position formelle dans un délai de trois mois lorsqu’une demande écrite, précise et complète est déposée de bonne foi. Pour le CIR, la demande doit être déposée au moins six mois avant la date limite de dépôt de la déclaration spéciale, et, si le projet est pluriannuel, six mois avant la première déclaration spéciale relative au projet.
Le texte prévoit aussi que l’administration peut solliciter l’avis des services relevant du ministre chargé de la recherche lorsque l’appréciation scientifique et technique du projet le nécessite. En pratique, si le dossier est solide et bien documenté, cet avis constitue un élément de sécurité utile, sans pour autant dispenser de vérifier les autres conditions légales.
Pour le CIR, le délai de reprise obéit à une règle spéciale : selon l’article L. 172 G du LPF, le droit de reprise de l’administration s’exerce jusqu’à la fin de la troisième année suivant celle du dépôt de la déclaration spéciale 2069-A-SD, et non selon le délai de droit commun de trois ans prévu par l’article L. 169 du LPF. Pour un crédit afférent à un exercice clos le 31 décembre 2025 et déclaré en mai 2026, la vigilance doit donc se maintenir jusqu’au 31 décembre 2029 au minimum.
Les erreurs qui déclenchent le plus souvent une remise en cause
- Confondre amélioration courante et développement expérimental, alors que le CIR suppose une véritable démarche de recherche ou d’expérimentation au sens du texte.
- Faire double emploi entre CIR et CII sur les mêmes coûts, alors que les dépenses déjà retenues dans un dispositif ne peuvent pas l’être dans l’autre.
- Retenir un sous-traitant sans vérifier son agrément, ce qui fragilise à la fois la base du donneur d’ordre et la justification des prestations.
- Oublier de retrancher les subventions publiques ou les dépenses de conseil concernées par l’exclusion légale.
- Conserver une documentation trop générale, sans chronologie, sans ventilation par projet et sans lien clair entre la dépense et l’opération scientifique ou technique.
La jurisprudence confirme l’importance de la substance. Le Conseil d’État a jugé qu’un salarié peut être qualifié de technicien de recherche même sans diplôme scientifique dès lors qu’il réalise des opérations nécessaires aux travaux de recherche sous la conduite d’un chercheur (CE, 24 février 2021, n° 429222, Société Nurun). Il a aussi admis que les dépenses confiées à un organisme agréé peuvent entrer dans l’assiette du donneur d’ordre, quand bien même les prestations feraient l’objet d’un paiement direct à cet organisme par le cocontractant de l’entreprise (CE, 26 juillet 2023, n° 466493, Société Cap 2020 Consult). (legifrance.gouv.fr)
Pour un dossier sensible, un accompagnement en droit fiscal peut être utile. Vous pouvez notamment vous appuyer sur l’accompagnement en droit fiscal afin de structurer le dossier, préparer les justificatifs et anticiper les points de fragilité avant toute discussion avec l’administration.
FAQ
Quelles sont exactement les dépenses éligibles au crédit d’impôt recherche et comment les déterminer pour mon dossier ?
Les postes les plus classiques sont les amortissements d’immobilisations affectées à la recherche, les dépenses de personnel des chercheurs et techniciens directement et exclusivement affectés, les rémunérations d’inventeurs, les dépenses externalisées auprès d’organismes ou d’experts agréés, ainsi que la normalisation et certains cas sectoriels. La qualification dépend toutefois du lien concret entre la dépense et l’opération de recherche. En pratique, il faut documenter le projet, la chronologie, les moyens mobilisés et la ventilation comptable.
Comment calculer le CIR étape par étape en tenant compte des plafonds et des règles de plafonnement ?
Il faut d’abord isoler les dépenses éligibles, puis ajouter le forfait de fonctionnement de 75 % des amortissements et 40 % des dépenses de personnel et d’inventeurs. Viennent ensuite les retraitements, notamment la déduction des subventions publiques et des frais de conseil visés par le texte. Le crédit est ensuite obtenu en appliquant à la base nette un taux de 30 % pour la fraction des dépenses de recherche n’excédant pas 100 millions d’euros, puis de 5 % au-delà. Pour un exercice clos en 2025, le contrôle documentaire doit être prêt dès la déclaration.
Quelles dépenses relèvent du crédit d’impôt innovation et comment éviter le double comptage avec le CIR ?
Le CII vise les PME qui conçoivent des prototypes ou des installations pilotes de nouveaux produits. Les dépenses admissibles couvrent les amortissements, le personnel, certaines dépenses de propriété intellectuelle et la sous-traitance agréée, dans la limite annuelle de 400 000 euros. Le point de vigilance principal est le suivant : une dépense déjà retenue dans le CIR ne peut pas être reprise dans le CII, et inversement. Il faut donc séparer clairement la phase de recherche de la phase de conception du prototype.
Comment déclarer les dépenses éligibles au CIR et quels documents joindre au CERFA n° 11081 pour être conforme ?
Le support central est le formulaire 2069-A-SD, CERFA n° 11081*28, à déposer avec la déclaration de résultats ou le relevé de solde selon le régime d’imposition. Lorsque les dépenses de recherche dépassent 10 millions d’euros, l’état annexe 2069-A-1-SD devient obligatoire. Au-delà de 100 millions d’euros, il faut joindre un état plus détaillé sur les travaux en cours. En cas de demande de remboursement immédiat par une jeune entreprise, des pièces comme les contrats, factures et bulletins de paie doivent être produites.
Quelles sont les meilleures procédures pour sécuriser l’éligibilité de mes travaux de R&D face à un éventuel contrôle fiscal ?
Le plus efficace est souvent de demander un rescrit CIR en amont, au moins six mois avant la date limite de dépôt de la déclaration spéciale. L’administration se prononce en principe dans un délai de trois mois, et peut consulter les services du ministre chargé de la recherche sur la dimension scientifique et technique du projet. Ensuite, il faut conserver un dossier probatoire solide, avec le projet, les livrables, les temps passés, les contrats de sous-traitance, les agréments, les aides publiques et les justificatifs comptables.
Et maintenant ?
Si votre dossier CIR ou CII présente un enjeu de sécurisation, de remboursement ou de contrôle, vous pouvez contacter le cabinet pour une revue préalable, puis revenir à l’accueil de NBE Avocats pour identifier l’interlocuteur adapté. Une analyse en amont permet souvent d’éviter les erreurs de qualification, les doubles emplois entre CIR et CII et les rectifications difficiles à contester.
