Droit fiscal

Contrôle fiscal entreprise : que faire en 2025, quels délais, quels risques et comment se préparer.Un contrôle de l’administration fiscale sur une entreprise peut être annoncé (avis de vérification) ou opéré à distance (examen de comptabilité). En 2025, la priorité est d’anticiper, de sécuriser vos écritures (FEC) et de répondre dans les délais. Ce guide pédagogique vous explique les étapes, vos droits, les délais clés, les risques financiers et les réflexes à adopter. Contenu informatif uniquement : pour une analyse adaptée à votre situation, prenez rendez-vous avec un avocat fiscaliste. 

En bref

• Identifiez le type de contrôle: contrôle sur pièces, examen de comptabilité (à distance) ou vérification de comptabilité (sur place).
• Respectez les délais: envoi du FEC sous 15 jours, réponse à une proposition de rectification sous 30 jours (prorogeable).
• Connaissez vos droits: débat oral et contradictoire, saisine du supérieur hiérarchique, commissions, charte du contribuable vérifié.
• Anticipez les risques financiers: intérêts de retard (0,20%/mois) et majorations (10/40/80% selon cas).
• Sécurisez 2025: qualité du FEC, piste d’audit fiable, TVA, flux intracommunautaires, e‑facturation (nouveau calendrier).

 

Les formes de contrôle en entreprise et leurs déclencheurs

 

Contrôle sur pièces et data-mining

Le contrôle sur pièces consiste en une revue à distance de votre dossier par l’administration (DGFiP). Il est fréquemment déclenché par des incohérences détectées via le data-mining (croisement déclarations TVA/IS, DAS2, déclarations de plateformes, flux intracommunautaires, etc.). Vous pouvez recevoir une demande d’éclaircissements ou un questionnaire. Répondre précisément, avec pièces à l’appui, permet souvent de clore le contrôle. 

Examen de comptabilité (à distance)

L’examen de comptabilité (LPF art. L.47 AA) s’opère sans déplacement de l’inspecteur. Vous êtes invité à transmettre votre Fichier des Écritures Comptables (FEC) dans un délai généralement de 15 jours. L’administration réalise ses tests et vous échangez par écrit et visioconférence/téléphone. À l’issue, absence de suite, observations ou rectifications. 

Vérification de comptabilité (sur place)

Véritable audit in situ, la vérification de comptabilité s’ouvre par un avis de vérification, accompagné de la Charte des droits et obligations du contribuable vérifié. Un débat oral et contradictoire se tient avec le vérificateur, portant sur vos procédures, vos justificatifs et vos déclarations (IS, TVA, CVAE jusqu’à 2023, taxes diverses).

Le « débat oral et contradictoire » est un droit fondamental du contribuable vérifié : vous pouvez expliquer, démontrer, produire des pièces et contredire les analyses de l’administration à chaque étape.

 

Délais de reprise (périodes contrôlables)

En principe, la DGFiP peut rectifier jusqu’à la fin de la 3e année suivant celle au titre de laquelle l’impôt est dû (IS, TVA). Par exemple, en 2025, les exercices clos en 2022 restent en période vérifiable (sauf cas d’allongement). Des délais plus longs existent en cas d’activité occulte (jusqu’à 10 ans) ou de problématiques spécifiques. Voir les principes sur service-public.fr. 

Recevoir un avis en 2025 : réflexes immédiats

 

Vérifier la régularité formelle

• Avis correctement adressé et daté, signatures, indication de la période vérifiée.
• Remise de la Charte du contribuable vérifié. Son absence peut vicier la procédure.
• Identification du type de contrôle (examen à distance ou vérification sur place) et des obligations (notamment FEC).

 

S’organiser et mandater un conseil

Contactez rapidement un avocat fiscaliste pour cadrer la stratégie, centraliser les échanges et protéger le secret des correspondances. NBE Avocats intervient en conseil et en défense, en France et à l’international. Présentation du cabinet: NBE Avocats. Pour le périmètre fiscal: Compétences en droit fiscal. 

Maîtriser les délais clés

• FEC: transmission sous 15 jours à compter de la demande (format normé).
• Réponse aux demandes d’informations: délai mentionné dans le courrier (respectez-le, demande de prorogation possible).
• Proposition de rectification: 30 jours pour répondre, prorogeables de 30 jours sur demande motivée (LPF art. L.57, voir Légifrance – L.57 LPF).

 

Préparer ses pièces et sécuriser la comptabilité

 

Fichier des Écritures Comptables (FEC)

Le FEC est obligatoire pour toute entreprise tenant une comptabilité informatisée. Il doit respecter le format défini par l’administration (structure, colonnes, codifications). En cas d’absence ou de non-conformité, l’entreprise risque une amende de 5 000 € ou, en cas de rectification, une majoration de 10% des droits rappelés. Référentiel: Impots.gouv – FEC (spécifications).Exemple: société à l’IS, clôture 31/12/2024. Avis d’examen reçu le 10/02/2025, demande de FEC au format 2025. Délai de transmission: 25/02/2025. Un FEC rejeté par les tests initiaux retarde l’instruction et accroît le risque de contrôle approfondi. 

Justificatifs et liasses fiscales

• Liasse fiscale: 2065 (IS) et tableaux 2050–2059G ou 2033-A à 2033-G (régime simplifié), ou 2031/2035 selon le régime (BIC/BNC).
• TVA: CA3 mensuelle/trimestrielle (échéance usuelle autour du 19–24 du mois suivant), CA12 pour le régime simplifié annuel.
• Piste d’audit fiable (PAF) pour la TVA, procédures internes de facturation, bons de commande/livraison, contrats, relevés bancaires.

Exemple: un écart récurrent entre chiffre d’affaires comptable et bases CA3 sur 2023 et 2024 sera interrogé; préparez un tableau de rapprochement mensuel signé par la direction financière. 

TVA et commerce international

• Autoliquidation et mentions obligatoires sur factures (art. 283 CGI).
• Preuves de livraisons intracommunautaires, numéros de TVA valides (VIES), déclarations d’échanges/états récapitulatifs.
• Attention aux régimes particuliers (marges, dropshipping, plateformes).

 

Déroulement: échanges, rectification, voies de recours

 

Rencontre et échanges contradictoires

Le vérificateur peut proposer des réunions thématiques (TVA, immobilisations, prix de transfert, provisions). Mettez en place un point hebdomadaire interne, un dossier partagé des pièces et un calendrier des réponses. 

Proposition de rectification

Si des rappels sont envisagés, vous recevez une proposition de rectification motivée (LPF art. L.57). Vous disposez de 30 jours (prorogeables) pour répondre point par point, joindre pièces et arguments juridiques/comptables. L’absence de réponse vaut acceptation implicite.Exemple chiffré: rappel de TVA collectée de 80 000 € sur 2022-2023. Intérêts de retard au taux légal de 0,20%/mois (2,4%/an). Sur 24 mois, ordre de grandeur des intérêts: 80 000 € x 0,024 x 2 ≈ 3 840 €. Des majorations peuvent s’ajouter (10%/40%/80% selon la situation). 

Avis de mise en recouvrement et paiement

Après échanges, l’avis de mise en recouvrement (AMR) est émis. Vous pouvez solliciter un sursis de paiement dans le cadre d’une réclamation contentieuse, sous conditions et, le cas échéant, garanties (LPF art. L.277). La stratégie de contestation (administrative puis, si besoin, juridictionnelle) se prépare dès la phase contradictoire. 

Recours et commissions

• Supérieur hiérarchique et interlocuteur départemental.
• Commissions (Commission départementale des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires) sur les questions de fait (marges, reconstitution de recettes, valorisation de stock, etc.).
• Contentieux: réclamation, puis recours devant le tribunal administratif.

Pour un accompagnement par des avocats fiscalistes expérimentés, voir notre page Droit fiscal – assistance aux contrôles et contentieux. 

Sanctions et risques financiers: ce qu’il faut mesurer

 

Intérêts et majorations

• Intérêt de retard: 0,20% par mois (2,4% par an) en 2025.
• Majoration de 10%: retards déclaratifs/paiement dans plusieurs cas.
• Majoration de 40%: manquement délibéré (mauvaise foi).
• Majoration de 80%: manœuvres frauduleuses/abus de droit (L.64), 40% pour « mini-abus de droit » (L.64 A) selon les situations.

Le cumul intérêts + majorations peut significativement augmenter la facture. Un traitement rapide, étayé et contradictoire en réduit souvent l’ampleur. 

Exemples concrets

• Omission de recettes: +120 000 € à l’IS sur 2022. Intérêts approximatifs sur 36 mois: 120 000 € x 0,024 x 3 = 8 640 €. Majoration selon la qualification retenue.
• FEC non conforme: amende 5 000 € possible, voire 10% des droits rappelés si rectification.
• TVA intracommunautaire: absence de preuve de transport vers l’UE => requalification en vente nationale taxée (20%), plus intérêts et majorations.

 

Spécificités 2025: e-facturation, données et conformité

 

Facturation électronique: nouveau calendrier

La généralisation de la facturation électronique B2B domestique est reportée. Selon la DGFiP, obligation de réception pour toutes les entreprises au 1er septembre 2026; obligation d’émission à compter du 1er septembre 2026 pour grandes entreprises et ETI, et du 1er septembre 2027 pour PME/TPE. Anticipez: cartographie des flux, choix d’une plateforme partenaire (PDP) ou portail public de facturation. Source: DGFiP – Facturation électronique. 

Piste d’audit fiable et contrôles TVA

La PAF demeure centrale: procédures documentées reliant commande, livraison, facture et paiement. Elle est souvent testée (échantillons, circularisations). Des failles procédurales induisent des rappels TVA même sans fraude. 

Données et plateformes

Les déclarations par plateformes (DAC7), les échanges intracommunautaires et le data-mining accroissent la détection des anomalies. Les entreprises opérant dans le numérique, la cryptomonnaie ou les services en ligne doivent soigner traçabilité et conformité. Voir nos compétences en Droit des NTIC et actifs numériques. 

Bonnes pratiques avant, pendant et après le contrôle

 

Avant: prévention et auto-diagnostic

• Revue FEC (tests de conformité, unicité, équilibre), lettrage et pièces.
• Rapprochements CA/TVA, inventaires, immobilisations/amortissements, provisions.
• Examen de conformité fiscale (ECF) volontaire sur 9 points: utile pour sécuriser des processus et faciliter le dialogue.

 

Pendant: gouvernance et traçabilité

• Un seul point d’entrée pour l’administration (référent), registre des demandes/réponses, calendrier des délais.
• Réponses sourcées et chiffrées, pas d’envoi partiel non maîtrisé.
• Organisation des réunions: ordre du jour, procès-verbal, décisions.

 

Après: suites et contentieux

• Si acceptation partielle: négociation des pénalités, éventuelle transaction.
• Si désaccord: saisine des commissions, réclamation contentieuse et, si nécessaire, recours juridictionnel.
• Mise à jour des procédures internes (leçons apprises).

Pour une prise en charge dédiée, vous pouvez nous écrire via la page Contact du cabinet. 

Comment NBE Avocats peut vous accompagner

Cabinet dédié à la fiscalité française et internationale, NBE Avocats assiste les sociétés de toute taille: audit préventif FEC/TVA, assistance sur place et à distance pendant la vérification, rédaction des réponses aux propositions de rectification, saisines des commissions, réclamations et recours contentieux. Nous intervenons également sur la structuration (prix de transfert, flux transfrontaliers), la fiscalité immobilière et des fonds, ainsi que la fiscalité des actifs numériques. Découvrez le cabinet: site de NBE Avocats.Contenu à visée informative, ne constituant pas un conseil personnalisé. Chaque situation requiert une analyse au cas par cas au regard de la législation et de la jurisprudence en vigueur. 

Sources utiles

• Service-public – Contrôle fiscal d’une entreprise
• Impots.gouv – FEC (spécifications et obligations)
• Légifrance – LPF art. L.57 (proposition de rectification)
• DGFiP – Facturation électronique: calendrier et principes

 

FAQ

 

Quels sont les délais d’un contrôle fiscal en entreprise ?

Un contrôle sur pièces peut se clore en quelques semaines si la réponse est complète. Un examen de comptabilité dure en moyenne quelques mois, selon le volume d’écritures et les échanges (délais FEC, compléments). Une vérification de comptabilité sur place s’étale souvent sur plusieurs mois, avec des temps de réunion, d’analyse et de réponses. À l’issue, en cas de rectification, comptez le délai de réponse (30 jours), puis la phase de recouvrement et, le cas échéant, les recours (réclamation/tribunal), qui peuvent s’étendre sur 6 à 18 mois supplémentaires. 

Peut-on demander un report des délais ou un aménagement ?

Oui, sous conditions. Pour la réponse à une proposition de rectification, vous pouvez solliciter une prorogation de 30 jours motivée. Pour des demandes de pièces, un court report est généralement accordé si justifié (volume, disponibilité). En cas de mise en recouvrement, un sursis de paiement peut être demandé dans le cadre d’une réclamation contentieuse, parfois avec garanties. Anticiper et formuler des demandes écrites, argumentées et datées maximise les chances d’acceptation. 

Que risque une TPE/PME en cas de FEC non conforme ?

Le non-respect du format FEC peut entraîner une amende de 5 000 € et, en cas de rectification, une majoration de 10% des droits rappelés. Surtout, un FEC rejeté (incohérences de soldes, écritures non lettrées, absences de pièces) incite l’administration à approfondir le contrôle (échantillonnages, recoupements) et augmente le risque de reconstitution de chiffres d’affaires. Faites tester votre FEC en amont via des outils de validation et une revue par un conseil pour corriger les anomalies avant transmission. 

Comment contester une proposition de rectification efficacement ?

Répondez dans le délai (30 jours prorogeables), point par point, en joignant pièces, calculs et arguments juridiques (textes, doctrine, jurisprudence). En cas de désaccord persistant, vous pouvez solliciter l’intervention du supérieur hiérarchique ou saisir la commission compétente (questions de fait). Après l’avis de mise en recouvrement, déposez une réclamation contentieuse motivée et, si nécessaire, saisissez le tribunal. Être assisté par un avocat fiscaliste augmente significativement les chances de succès. 

Le contrôle porte-t-il aussi sur la TVA intracommunautaire et les factures électroniques ?

Oui. La TVA sur les livraisons/acquisitions intracommunautaires est un axe majeur: numéros de TVA valides, preuves de transport, autoliquidation, états récapitulatifs. Dès 2025, l’administration prépare également la bascule vers la facturation électronique (réception obligatoire au 01/09/2026). Les contrôleurs vérifient votre piste d’audit fiable, la conformité des mentions de facture et vos processus de facturation. Anticiper ces sujets réduit nettement les risques de rappel. 

À retenir

• Identifiez vite le type de contrôle et vos délais (FEC sous 15 jours, réponse sous 30 jours).
• Documentez: FEC conforme, pièces justificatives, piste d’audit fiable, tableaux de rapprochement.
• Dialogue contradictoire: faites valoir vos arguments dès la phase d’échanges.
• Mesurez l’exposition: intérêts (0,20%/mois) + majorations (10/40/80%).
• 2025: préparez l’e-facturation et renforcez vos contrôles TVA/intracom.
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