Droit fiscal

La vérification de comptabilité est un contrôle fiscal approfondi de l’entreprise. Elle obéit à des étapes et à des garanties très encadrées par le Livre des procédures fiscales.Le présent article, rédigé dans une optique pédagogique, décrit de manière pratique le déroulement d’une vérification de comptabilité en droit fiscal français (DGFiP). Il ne constitue pas un conseil personnalisé. Chaque situation présentant des spécificités, un accompagnement individualisé par un avocat fiscaliste, tel que ceux du cabinet NBE Avocats, est fortement recommandé avant toute prise de décision.Vous trouverez ici :

• la définition juridique et pratique de la vérification de comptabilité ;
• les grandes étapes de la procédure, de l’avis de vérification à la proposition de rectification ;
• des exemples chiffrés pour illustrer les enjeux ;
• des indications sur vos droits et recours en cas de contrôle.

Pour un panorama plus large des problématiques fiscales traitées par le cabinet, vous pouvez consulter la page Droit fiscal ou la page d’accueil du site NBE Avocats.

1. Qu’est-ce qu’une vérification de comptabilité ?

1.1. Une forme de contrôle fiscal externe ciblée sur l’entreprise

En droit français, la vérification de comptabilité est une opération de contrôle sur place par laquelle l’administration fiscale examine la comptabilité d’une entreprise (ou d’un professionnel libéral, agriculteur, etc.) afin de vérifier la sincérité de ses déclarations (IS, BIC/BNC/BA, TVA, etc.). Elle est encadrée notamment par les articles L.13 et suivants, L.47 et L.52 du Livre des procédures fiscales.Il convient de la distinguer :

• du contrôle sur pièces, réalisé depuis les bureaux de l’administration, sur la base des déclarations et pièces déjà transmises ;
• de l’examen de comptabilité, contrôle à distance fondé sur l’analyse des fichiers des écritures comptables (FEC), instauré pour les comptabilités informatisées ;
• de l’examen contradictoire de la situation fiscale personnelle (ESFP), qui vise la situation d’une personne physique au regard de l’impôt sur le revenu.

La vérification de comptabilité est la forme de contrôle la plus intrusive : présence du vérificateur dans les locaux de l’entreprise, échanges répétés, examen des pièces justificatives et, de plus en plus souvent, traitements informatiques sur les FEC.

1.2. Entreprises et périodes concernées

Peuvent être soumises à une vérification de comptabilité toutes les entreprises et exploitants tenus à une comptabilité régulière et à des déclarations, typiquement :

• sociétés soumises à l’impôt sur les sociétés (IS) ;
• entreprises individuelles ou sociétés de personnes imposées en BIC, BNC ou BA au régime réel ;
• entités détenant de l’immobilier (SCI imposables, sociétés de fonds, etc.), lorsque leurs activités les soumettent à des obligations comptables.

La vérification porte en principe sur les exercices non prescrits, généralement les trois derniers exercices clos (par exemple, en 2025, les exercices 2022, 2023 et 2024 pour un exercice clos au 31 décembre), avec possibilité d’extension dans certains cas (déficits reportables, fraude, etc.).

1.3. Garantie fondamentale : l’information préalable (article L.47 LPF)

Une vérification de comptabilité ne peut être engagée qu’après envoi ou remise d’un avis de vérification, conformément à l’article L.47 du Livre des procédures fiscales. Cet avis doit notamment :

• préciser les années ou exercices soumis à vérification ;
• mentionner expressément la faculté pour le contribuable de se faire assister par le conseil de son choix (expert-comptable, avocat, etc.), à peine de nullité de la procédure ;
• informer de la mise à disposition de la Charte des droits et obligations du contribuable vérifié, accessible sur le site officiel de l’administration fiscale.

En cas de contrôle inopiné, l’avis est remis au début des opérations matérielles, mais l’examen au fond de la comptabilité ne peut commencer qu’après un délai raisonnable permettant au contribuable de se faire assister.Les textes applicables sont librement consultables sur le site Légifrance (notamment l’article L.47 LPF) et dans la documentation administrative BOFiP (BOI-CF-PGR-20).

2. Étape 1 : l’avis de vérification et la préparation du contrôle

2.1. Le contenu de l’avis de vérification (imprimé n°3927-SD)

L’avis de vérification de comptabilité, habituellement établi sur l’imprimé n°3927-SD, comporte plusieurs mentions essentielles :

• l’identification du service vérificateur et du vérificateur ;
• la nature du contrôle (vérification de comptabilité, et le cas échéant lien avec un examen de comptabilité ou un ESFP) ;
• les impôts et périodes contrôlés (IS, TVA, CVAE, etc.) ;
• la date et l’heure de la première intervention sur place ;
• le rappel explicite du droit à se faire assister par un conseil ;
• la possibilité de consulter la Charte du contribuable vérifié (souvent via un lien vers impots.gouv.fr).

L’avis est généralement envoyé en courrier recommandé avec accusé de réception. La doctrine administrative recommande un délai d’environ trois semaines entre l’envoi de l’avis et la première intervention, même si un délai minimal de quelques jours francs est admis par la jurisprudence.

2.2. Exemple pratique de réception d’avis

Supposons une SARL soumise à l’IS, clôturant ses comptes au 31 décembre, recevant le 5 septembre 2025 un avis de vérification visant les exercices clos les 31/12/2022, 31/12/2023 et 31/12/2024, avec première intervention fixée au 30 septembre 2025.Concrètement, le dirigeant dispose d’environ trois semaines pour :

• vérifier la régularité formelle de l’avis (périodes, impôts, droit à l’assistance, charte) ;
• contacter son expert-comptable et, idéalement, un avocat fiscaliste pour organiser la stratégie de contrôle ;
• rassembler les principaux documents (bilans, liasses fiscales, déclarations de TVA, registres légaux, contrats significatifs, etc.) et anticiper les points sensibles (comptes courants d’associés, conventions intragroupe, flux internationaux, crypto-actifs, etc.).

2.3. Rôle de la Charte du contribuable vérifié

La Charte des droits et obligations du contribuable vérifié constitue un document central : elle détaille notamment les garanties procédurales, la durée maximale du contrôle dans certaines situations, les modalités de recours hiérarchiques et la possibilité de saisir les commissions départementales.Bien qu’elle n’ait pas valeur législative, l’administration est tenue de la respecter. En cas de manquement substantiel, certaines irrégularités peuvent être invoquées devant le juge de l’impôt. La charte est accessible sur le site impots.gouv.fr via la documentation officielle.

3. Étape 2 : le déroulement concret de la vérification sur place

3.1. La première intervention du vérificateur

La date de première intervention, indiquée sur l’avis, est un jalon essentiel : elle déclenche notamment le calcul du délai maximal de présence sur place dans les petites entreprises (article L.52 LPF).Lors de cette première visite, le vérificateur :

• se présente et rappelle le cadre juridique du contrôle ;
• précise le périmètre de la vérification (impôts, périodes, thèmes ciblés) ;
• vérifie les modalités de tenue de la comptabilité (informatique ou papier) ;
• liste les documents à présenter (journaux, grand livre, balance, factures, relevés bancaires, contrats clés, etc.).

En présence d’une comptabilité informatisée, l’entreprise doit remettre, dès le début du contrôle, une copie dématérialisée des fichiers des écritures comptables (FEC), au format normé prévu par l’article A.47 A-1 LPF. Les spécifications techniques sont publiées sur le site officiel impots.gouv.fr.

Attention : le défaut de remise d’un FEC conforme peut entraîner une amende d’au moins 5 000 €, voire 10 % des droits rappelés, et permettre à l’administration d’évaluer d’office les bases imposables.

3.2. Durée de la vérification sur place : la règle des trois mois

L’article L.52 LPF limite, sous peine de nullité des impositions, la durée de la vérification sur place à trois mois pour certaines petites entreprises (celles dont le chiffre d’affaires ou les recettes n’excèdent pas les seuils d’admission au régime simplifié d’imposition).Ce délai de trois mois :

• court de « quantième à quantième » à compter du jour de la première intervention sur place ;
• peut être porté à six mois en cas de graves irrégularités privant la comptabilité de valeur probante ;
• peut être suspendu ou neutralisé dans certaines hypothèses (contrôle des FEC, enquête judiciaire, flagrance fiscale, etc.).

Pour les entreprises plus importantes, aucune durée maximale n’est légalement fixée, mais l’administration doit conduire le contrôle dans un délai raisonnable, sous le contrôle du juge.

3.3. Les vérifications et rapprochements typiques

En pratique, le vérificateur effectue une série de contrôles, souvent standardisés, par exemple :

• rapprochement du chiffre d’affaires comptable avec les déclarations de TVA (imprimé CA3 ou CA12) et les liasses fiscales ;
• contrôle de la correcte déduction de la TVA (factures d’achats, notes de frais, véhicules de tourisme, etc.) ;
• examen des charges significatives (rémunérations, honoraires, loyers, prestations intragroupe) et de leur justification ;
• analyse des immobilisations et amortissements (taux, durée, cessions) ;
• étude des comptes courants d’associés, des distributions de dividendes et des flux intragroupe (prix de transfert, management fees, redevances de propriété intellectuelle, etc.) ;
• pour certaines activités, contrôles de cohérence physiques (stocks, marges-type, ratios de consommation, etc.).

Exemple simple : une société de services facture 10 000 € HT en mai 2024, comptabilise bien ce chiffre d’affaires, mais omet de le déclarer sur la CA3 de mai. Le vérificateur recalcule la TVA due (10 000 € × 20 % = 2 000 €), applique les intérêts de retard (au taux actuel de 0,20 % par mois, soit 2,4 % l’an) et, selon le comportement du contribuable, une éventuelle majoration.

3.4. Cas particuliers : contrôle inopiné et examen de comptabilité à distance

Contrôle inopiné. L’administration peut se présenter sans préavis pour procéder à des constatations matérielles (existence d’un stock, d’une caisse, d’une activité…). L’avis de vérification est alors remis sur place, mais l’examen au fond de la comptabilité ne doit débuter qu’après un délai permettant au contribuable de se faire assister.Examen de comptabilité à distance. Depuis plusieurs années, la DGFiP recourt de plus en plus à l’examen de comptabilité, procédure de contrôle à distance décrite par le ministère de l’Économie (Bercy Infos Entreprises). Dans ce cas, le contribuable a 15 jours pour transmettre ses FEC, l’analyse se fait en principe en moins de six mois, et les suites (absence de rectification ou proposition de rectification) sont similaires à celles d’une vérification de comptabilité.Une vérification sur place peut succéder à un examen de comptabilité ou le remplacer si les conditions ne sont pas réunies, notamment en cas de FEC inexploitable ou non transmis.

4. Étape 3 : la fin du contrôle et les suites de la vérification

4.1. Clôture des opérations sur place et débat contradictoire

La fin des opérations de vérification sur place est, en principe, matérialisée par un entretien de synthèse. Le vérificateur :

• rappelle les points contrôlés ;
• expose les principaux constats ;
• annonce, le cas échéant, les rectifications envisagées (sans que cela lie définitivement l’administration).

Ce moment est crucial pour le contribuable et son conseil : il permet de discuter des points litigieux, de produire de nouvelles pièces, de corriger d’éventuels malentendus techniques ou comptables. Une argumentation solide à ce stade peut parfois éviter un redressement ou en limiter l’ampleur.

4.2. L’avis d’absence de rectification

Si, à l’issue du contrôle, l’administration considère qu’aucune rectification n’est nécessaire, elle adresse un avis d’absence de rectification. Ce document clôt formellement le contrôle pour les périodes et impôts concernés.Cette issue, souvent sous-estimée, n’est pas rare lorsque la comptabilité est correctement tenue, que les points sensibles ont été anticipés et que le dialogue avec le vérificateur a été constructif. Elle n’exclut pas, en revanche, la possibilité d’un futur contrôle sur d’autres périodes ou au titre d’un autre impôt, dans les limites du non-renouvellement de la vérification prévu à l’article L.51 LPF.

4.3. La proposition de rectification (article L.57 LPF)

En cas de désaccord, l’administration adresse une proposition de rectification, dans le cadre de la procédure contradictoire (article L.57 LPF). Ce document doit être suffisamment motivé pour permettre au contribuable de comprendre les chefs de redressement et d’y répondre utilement.La proposition de rectification mentionne notamment :

• les fondements légaux (articles du CGI ou du LPF) ;
• les éléments de fait et méthodes de calcul retenus ;
• les nouvelles bases d’imposition et, le cas échéant, les pénalités envisagées ;
• le délai dont dispose le contribuable pour présenter ses observations (généralement 30 jours, prorogeable de 30 jours sur demande).

À ce stade, l’assistance d’un avocat fiscaliste expérimenté en contentieux fiscaux est particulièrement déterminante, notamment pour :

• vérifier la régularité de la procédure et de la motivation ;
• préparer une réponse argumentée, éventuellement étayée par une doctrine ou une jurisprudence favorable ;
• organiser, si nécessaire, la saisine des commissions compétentes (commission des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires, commission de conciliation en matière immobilière, etc.).

4.4. Intérêts de retard et sanctions possibles

En cas de rappel d’impôt, le contribuable est généralement redevable :

• des intérêts de retard, calculés au taux de 0,20 % par mois, soit 2,4 % par an, sur les droits supplémentaires dus ;
• le cas échéant, de majorations : 10 % en cas de simple retard ou insuffisance déclarative, 40 % en cas de manquement délibéré, 80 % pour manœuvres frauduleuses ou activité occulte, etc.

S’ajoutent, dans certains cas spécifiques, des amendes autonomes (par exemple, pour FEC non remis ou non conforme, pour défaut de déclaration de certains flux, etc.). Certaines situations peuvent également exposer le dirigeant à un risque pénal (fraude fiscale), ce qui impose une analyse très fine de la stratégie de défense.

5. Bonnes pratiques pour se préparer à une vérification de comptabilité

5.1. Anticiper plutôt que subir

Une grande partie des difficultés rencontrées en contrôle fiscal découle de l’absence de préparation en amont. Quelques réflexes structurants :

• mettre en place une comptabilité rigoureuse et à jour, avec un chemin de révision clair entre les pièces justificatives et les écritures ;
• générer et conserver, à chaque clôture, un FEC conforme aux normes ;
• documenter les choix fiscaux significatifs (méthodes d’amortissement, prix de transfert, structurations patrimoniales, fiscalité des crypto-actifs, etc.) ;
• réaliser périodiquement un « pré-audit fiscal » des principaux risques (TVA, charges non déductibles, avantages en nature, conventions intragroupe…).

5.2. Réagir utilement dès l’avis de vérification

Au moment où l’avis arrive, il est souvent trop tard pour refonder l’organisation comptable, mais il est encore largement temps d’optimiser la conduite du contrôle :

• analyser juridiquement l’avis (mentions obligatoires, périodes, conformité à L.47 LPF) ;
• identifier les points de vulnérabilité (TVA, flux internationaux, restructurations, management packages, actifs numériques, etc.) ;
• préparer un dossier de présentation de l’entreprise clair, facilitant la compréhension du vérificateur et encadrant le débat ;
• formaliser une stratégie : jusqu’où accepter des rehaussements, sur quels points concentrer la défense, quelle place laisser à une issue transactionnelle éventuelle.

Un accompagnement par un cabinet d’avocats en droit fiscal, comme NBE Avocats, permet en outre d’identifier les marges de manœuvre contentieuses et, si nécessaire, de se préparer à un litige devant les juridictions administratives.

5.3. Prendre en compte la dimension numérique du contrôle

Les contrôles fiscaux s’appuient désormais massivement sur l’analyse informatique des données comptables (FEC, exports Excel, croisement avec des bases externes). Cette dimension justifie de soigner particulièrement :

• la qualité et la cohérence des FEC (numérotation continue, exhaustivité des écritures, absence de centralisation abusive) ;
• la sécurité et la traçabilité des systèmes d’information ;
• la documentation des interfaces avec les outils métiers (facturation, ERP, gestion de stock, plateformes e-commerce, etc.).

Lorsque les enjeux touchent également au numérique (plateformes, e-commerce, données, active digitaux, etc.), une coordination avec des spécialistes en droit des nouvelles technologies (NTIC) peut s’avérer indispensable.

6. Questions fréquentes sur la vérification de comptabilité

Comment se déroule concrètement une vérification de comptabilité pour une petite entreprise ?

Pour une TPE ou une PME au régime réel, la procédure s’ouvre par la réception d’un avis de vérification recommandée avec AR, mentionnant les exercices contrôlés et le droit à l’assistance d’un conseil. Après une phase de préparation, le vérificateur intervient dans les locaux, examine la comptabilité (souvent via les FEC) et confronte les écritures aux déclarations fiscales et à la réalité de l’activité. Pour les entreprises sous les seuils du régime simplifié, la durée de présence sur place est en principe limitée à trois mois. Le contrôle se termine par un avis d’absence de rectification ou une proposition de rectification motivée.

Quelle est la durée maximale d’un contrôle fiscal sur place ?

La durée maximale est strictement encadrée pour certaines petites entreprises. L’article L.52 LPF limite à trois mois la durée de la vérification sur place des livres comptables des entreprises industrielles, commerciales, non commerciales ou agricoles dont le chiffre d’affaires ou les recettes n’excèdent pas les seuils prévus pour le régime simplifié d’imposition. Ce délai peut être porté à six mois en cas de graves irrégularités rendant la comptabilité non probante. Pour les entreprises plus importantes, aucun plafond légal n’est fixé, mais le contrôle doit rester d’une durée raisonnable, sous le contrôle du juge.

Que risque une entreprise en cas de FEC manquant ou non conforme ?

Si la comptabilité est informatisée, le contribuable doit remettre, dès le début du contrôle, un fichier des écritures comptables (FEC) conforme au format normé. Le défaut de remise, la remise tardive ou la remise d’un fichier inexploitable expose à une amende au moins égale à 5 000 €, pouvant atteindre 10 % des droits rappelés lorsque ceux-ci sont importants. Surtout, l’administration peut rejeter la comptabilité et procéder à une évaluation d’office des bases imposables, ce qui inverse en pratique la charge de la preuve au détriment de l’entreprise. D’où l’importance d’anticiper la conformité des FEC avec son expert-comptable et son conseil.

Peut-on faire annuler une vérification de comptabilité en raison d’un vice de procédure ?

Oui, mais uniquement si le vice constaté porte atteinte à une garantie substantielle reconnue au contribuable. Sont classiquement invoqués : absence ou irrégularité de l’avis de vérification (mentions obligatoires manquantes, absence d’information sur le droit à l’assistance, périodes non indiquées), non-respect des règles de durée maximale (article L.52 LPF), défaut de motivation de la proposition de rectification (article L.57 LPF), méconnaissance de la Charte du contribuable vérifié sur un point essentiel, etc. L’appréciation est délicate et relève du juge de l’impôt ; une analyse fine par un avocat fiscaliste est indispensable avant d’invoquer la nullité de la procédure.

Faut-il toujours se faire assister d’un avocat lors d’une vérification de comptabilité ?

La loi n’impose pas l’assistance par un avocat ou un expert-comptable, mais la pratique montre qu’un contrôle non préparé peut avoir des conséquences financières lourdes (rappels d’IS, de TVA, intérêts de retard, majorations, voire risques pénaux en cas de fraude). L’assistance d’un avocat fiscaliste permet de sécuriser la relation avec le vérificateur, de structurer les réponses, d’identifier les marges de manœuvre et, le cas échéant, de préparer un contentieux. Plus les enjeux sont élevés (montants, restructurations, flux internationaux, actifs numériques, immobilier complexe), plus un accompagnement spécialisé s’avère prudent.

7. Et maintenant ? Se faire accompagner dans sa vérification de comptabilité

Une vérification de comptabilité est toujours un moment sensible dans la vie d’une entreprise. Au-delà de la compréhension des textes, l’enjeu est de maîtriser la stratégie de contrôle, de limiter les risques financiers et, lorsque cela est possible, de sécuriser l’avenir fiscal de la structure (flux intragroupe, structurations patrimoniales, fiscalité internationale, actifs numériques, immobilier, etc.).Le cabinet NBE Avocats, intervenant en droit fiscal français et international et en structuration patrimoniale, accompagne dirigeants, groupes et investisseurs à chaque étape : en amont (audit préventif), pendant la vérification (assistance aux échanges avec l’administration, négociation), et en aval (réclamations, recours contentieux, stratégies de régularisation).Pour une analyse confidentielle et sur mesure de votre situation, vous pouvez prendre contact via la page dédiée Contact du site NBE Avocats. Toute décision ou prise de position en matière fiscale devrait être précédée d’un examen individualisé de votre dossier ; les développements ci-dessus n’ont qu’une portée générale et informative.