Droit fiscal

Contrôle fiscal entreprise : voici les étapes, vos droits et les risques à anticiper en 2025.Qu’il s’agisse d’un contrôle sur pièces, d’un examen de comptabilité à distance ou d’une vérification de comptabilité sur place, vous devez connaître le déroulé, les garanties procédurales, les délais et les conséquences financières. Cet article, à visée exclusivement informative, vous guide pas à pas pour comprendre le contrôle fiscal d’une entreprise et vous préparer efficacement. Pour un accompagnement personnalisé et des conseils adaptés, contactez le cabinet NBE Avocats.

Ce contenu fiscal est fourni à titre informatif et général. Il ne constitue pas un conseil juridique ou fiscal. Pour un avis orienté sur votre situation, prenez rendez-vous avec NBE Avocats.

En bref

• Trois formes principales: contrôle sur pièces, examen de comptabilité (à distance) et vérification de comptabilité (sur place).
• Droits clés: charte du contribuable vérifié, contradictoire, assistance par un conseil, débats oraux et écrits, délais de réponse.
• Risques: intérêts de retard (par mois) et majorations de 10%, 40% ou 80% selon les cas, amendes spécifiques (ex. FEC).
• Délais: droit de reprise courant de 3 ans (avec cas de 6 ou 10 ans), réponses en 30 jours prorogeables.
• Prévention: fiabiliser la TVA, FEC conforme, documentation de prix de transfert, procédures internes et piste d’audit fiable.

Contrôle fiscal d’entreprise en 2025: définitions et périmètre

Les trois modalités de contrôle

• Contrôle sur pièces: l’administration analyse vos déclarations (IS, TVA…), vos liasses et justificatifs à partir de ses bases, sans déplacement. Elle peut solliciter des précisions ou pièces complémentaires. Voir la présentation officielle du contrôle des entreprises par l’administration (service-public.fr).
• Examen de comptabilité: contrôle à distance fondé sur le fichier des écritures comptables (FEC). Vous transmettez un FEC normé; l’administration pratique des tests de cohérence et de complétude. Références et modalités pratiques sur le site des impôts.
• Vérification de comptabilité: contrôle sur place dans les locaux de l’entreprise avec échanges oraux, revue des pièces, et respect des garanties procédurales (charte, contradictoire, débat). Principes généraux du Code des procédures fiscales accessibles sur Légifrance.

Ces formes de contrôle peuvent être combinées ou se succéder. Leur objectif: vérifier l’exactitude de l’assiette et le respect des obligations (déclarations, facturation, TVA, prix de transfert, etc.).

Déclenchement: facteurs de risque et ciblage

La DGFiP recourt à l’analyse de données (data-mining), aux croisements déclaratifs et aux signalements (anomalies TVA, marges incohérentes, flux intragroupe, rémunérations dirigeant, incohérences FEC). Des secteurs spécifiques peuvent être ciblés selon les priorités nationales. Les obligations nouvelles (ex. facturation électronique à venir) et la dématérialisation renforcent les contrôles automatisés; suivez la réforme sur la facturation électronique.

Période vérifiée et droit de reprise

• Délai « courant »: l’administration dispose en principe de 3 ans pour rectifier l’IS et la TVA (ex. exercices clos en 2022: reprise jusqu’au 31.12.2025). Références: articles L.169 et L.176 du LPF, consultables via Légifrance.
• Cas étendus: jusqu’à 6 ans pour certaines situations internationales ou obligations déclaratives spécifiques; jusqu’à 10 ans en cas d’activité occulte ou de manœuvres frauduleuses.
• Le champ exact est précisé dans l’avis de vérification; l’administration peut étendre le contrôle sous conditions.

Vos droits et obligations pendant le contrôle

Charte, contradictoire et assistance

Vous recevez la « Charte des droits et obligations du contribuable vérifié » avant le début des opérations. Elle rappelle vos garanties: débats oraux et écrits, accès au dossier, droit de réponse, possibilité de vous faire assister par un conseil. Consultez la charte sur le site des impôts (impots.gouv.fr). Le principe du contradictoire impose à l’administration d’exposer ses motifs et à l’entreprise de pouvoir présenter ses observations.

Vous pouvez vous faire assister à tout moment par un avocat fiscaliste. Contactez l’équipe dédiée de NBE Avocats en Droit fiscal.

Fichier des écritures comptables (FEC) et sanctions

En examen ou vérification de comptabilité, la remise du FEC est obligatoire. Le fichier doit respecter le format normatif (structuration, intitulés de colonnes, encodage). Le défaut de présentation d’un FEC conforme est sanctionné par une amende (forfaitaire ou proportionnelle aux droits rappelés, selon les cas). La page dédiée « FEC » précise les attentes techniques et les risques associés (impots.gouv.fr – FEC).Bonnes pratiques FEC:

• Tester le FEC en interne avant transmission (cohérence totaux/journaux, lettrages, pièces).
• Documenter les corrections (écritures d’inventaire, opérations intragroupe, cut-off).
• Aligner plan de comptes, libellés et procédures de clôture.

Procédure écrite et délais de réponse

Le contrôle est rythmé par des demandes d’informations (articles L.10 et suivants LPF), des échanges contradictoires et, le cas échéant, une proposition de rectification motivée (procédure de rectification contradictoire, PRC). Vous disposez en principe de 30 jours pour répondre, prorogeables de 30 jours sur demande motivée. Présentation synthétique de la PRC sur impots.gouv.fr.

Déroulé type d’un contrôle fiscal: étapes clés

1. Avis de vérification: précise la période, la nature du contrôle et les garanties (charte jointe).
2. Réunion d’ouverture: cadrage, organisation des échanges, calendrier, interlocuteurs.
3. Remise du FEC et des pièces: FEC normé; procédures internes (piste d’audit fiable), contrats, prix de transfert, etc.
4. Analyses et constats: tests FEC, rapprochements TVA, reconstitutions de chiffre d’affaires, marges, immobilisations.
5. Demandes complémentaires: précisions sur anomalies, factures, flux transfrontaliers, conventions intragroupe.
6. Discussion contradictoire: échanges oraux/écrits; possibilité d’invoquer la doctrine ou des tolérances administratives pertinentes (BOFiP).
7. Proposition de rectification: motivation des rappels, calculs, pénalités et intérêts; délai de réponse de 30 jours.
8. Suites: acceptation, observations, saisine éventuelle de commissions (matières de fait), puis mise en recouvrement. Voies de recours et réclamation contentieuse sur impots.gouv.fr.

Risques financiers: intérêts, majorations et amendes

Intérêts de retard et majorations

• Intérêts de retard: dus pour compenser le paiement tardif de l’impôt (taux mensuel publié par l’administration; à titre indicatif, le taux est habituellement exprimé par mois et annualisé). Voir les règles et exemples sur le BOFiP et la documentation publique (impots.gouv.fr).
• Majorations (CGI, selon les cas):
• 10% en cas de dépôt tardif régularisé ou d’insuffisance déclarative sans mauvaise foi,
• 40% en cas de manquement délibéré (mauvaise foi),
• 80% en cas de manœuvres frauduleuses ou d’activité occulte. Les fondements exacts (articles 1728, 1729 du CGI) et la qualification retenue par l’administration sont déterminants.

Amendes spécifiques fréquentes

• FEC non remis ou non conforme: amende forfaitaire, avec planchers légaux rappelés sur la page FEC officielle (impots.gouv.fr – FEC).
• Facturation: amendes pour mentions obligatoires manquantes ou factures irrégulières, avec effets collatéraux (TVA non déductible). Cadre général de la TVA d’entreprise sur impots.gouv.fr.
• Documentation prix de transfert (entreprises concernées): amendes en cas de défaut de présentation; sensibilités accrues sur les flux intragroupe transfrontaliers.

En pratique, des atténuations ou transactions peuvent être discutées selon la situation (bonne foi, régularisations, contexte économique), dans le cadre de l’article L.247 du LPF.

Exemples chiffrés (illustratifs)

• TVA: une société omet 120 000 € de TVA collectée sur 2023-2024. Rappel de 120 000 €, intérêts calculés mois par mois à compter des échéances légales, et majoration variant selon la qualification (ex. 10% si absence de mauvaise foi; 40% en cas de manquement délibéré). Les modalités de calcul sont précisées dans la proposition de rectification.
• IS: rectification d’assiette de 500 000 € sur l’exercice 2022 (taux IS 25%). Droits rappelés: 125 000 €, intérêts de retard selon les échéances, et majoration selon les circonstances (10%/40%/80%). Possibilité de discussion contradictoire et, le cas échéant, saisine de commission pour les points de fait.
• FEC: défaut de présentation dans un examen de comptabilité. Outre la taxation d’office possible, une amende forfaitaire est encourue selon la réglementation en vigueur, rappelée sur la page officielle du FEC.

Ces exemples sont simplifiés et ne remplacent pas une analyse au cas par cas. Pour une évaluation précise, contactez NBE Avocats.

Se préparer et sécuriser: les bonnes pratiques

Avant tout contrôle: prévenir

• Cartographier les risques fiscaux (TVA, retenues à la source, avantages en nature, immobilisations, stocks, refacturations intragroupe).
• Mettre à jour la piste d’audit fiable (PAF) et la documentation des cycles vente/achat; guide pratique sur la PAF: impots.gouv.fr.
• Tester le FEC (format, cohérence) et fiabiliser les liasses (2065 IS / 2031 BIC / 2035 BNC et annexes).
• Prix de transfert: mettre en place la documentation requise si vous êtes concerné.

Pendant le contrôle: organiser

• Nommer un interlocuteur unique et un binôme technique (comptable/IT pour le FEC).
• Tenir un journal de contrôle (demandes, pièces transmises, réponses, délais).
• Exiger le contradictoire et demander des réunions de synthèse.
• Se faire assister par un conseil fiscal pour cadrer l’argumentaire et les risques. Le cabinet NBE Avocats intervient en audit, assistance et contentieux.

Après le contrôle: agir

• Répondre dans les délais, demander la prorogation si nécessaire, proposer des régularisations ciblées.
• En cas de désaccord, examiner la saisine de commissions compétentes et la voie contentieuse (réclamation) avec sursis de paiement sous conditions de garanties (impots.gouv.fr – réclamation).
• Évaluer une transaction éventuelle (L.247 LPF).
• Corriger les procédures internes pour prévenir les risques futurs.

Calendrier et obligations déclaratives clés en 2025

Impôt sur les sociétés (IS)

• Déclarations: liasse 2065 (IS) pour les sociétés soumises à l’IS; 2031 (BIC) ou 2035 (BNC) pour les entités à l’IR. En pratique, dépôt en EDI au plus tard 3 mois après la clôture ou à la date du 2e jour ouvré de mai pour les exercices clos au 31 décembre (selon modalités publiées chaque année par l’administration).
• Paiements: 4 acomptes d’IS en principe les 15/03, 15/06, 15/09 et 15/12; solde à la liquidation. Rappels utiles sur la page IS entreprises (impots.gouv.fr – IS).

TVA

• Régime réel normal: déclarations CA3 mensuelles (ou trimestrielles sous conditions), dématérialisées sur l’espace professionnel.
• Régime simplifié: CA12 annuelle avec acomptes. Présentation synthétique: TVA entreprises.
• Piste d’audit fiable et facturation: anticipez la généralisation progressive de la facturation électronique (calendrier officiel et actualisations sur impots.gouv.fr).

Autres jalons fréquents

• CFE: solde en fin d’année via l’espace professionnel.
• Déclaration des honoraires (DAS 2): en début d’année sur l’espace professionnel (vérifier la date limite publiée pour 2025).
• CVAE: le dispositif est en cours d’extinction conformément aux lois de finances récentes; suivez les actualisations officielles.

Pour tout audit de conformité ou mise à jour documentaire en amont, l’équipe NBE Avocats coordonne fiscal, comptable et IT, y compris sur les enjeux numériques connexes (Droit NTIC).

FAQ — Questions fréquentes sur le contrôle fiscal d’entreprise

Comment se déroule un examen de comptabilité à distance ?

L’examen commence par une demande de transmission du FEC et, souvent, de procédures internes (piste d’audit fiable, notes de clôture), puis l’administration effectue des tests automatisés et des contrôles de cohérence. Des demandes de compléments peuvent suivre (factures, contrats, justificatifs bancaires). À l’issue, soit aucune suite, soit des observations, soit une proposition de rectification. Vous disposez d’un délai de 30 jours pour répondre, prorogeable de 30 jours sur demande motivée. Les règles de la procédure contradictoire s’appliquent, ainsi que vos garanties rappelées dans la charte officielle.

Quelle est la durée maximale d’une vérification de comptabilité sur place ?

La durée dépend de la taille de l’entreprise et du cadre légal applicable. Le Code des procédures fiscales prévoit des limites spécifiques pour certaines petites entreprises, et impose de toute façon un déroulé loyal et contradictoire. En pratique, les opérations sur place s’étalent sur plusieurs semaines à quelques mois, selon la complexité (TVA, prix de transfert, FEC volumineux). Le respect des délais de réponse et la bonne organisation interne limitent les prolongations. Pour connaître précisément la limite qui s’applique à votre cas, il convient d’analyser l’avis et les textes (LPF) correspondants.

Quels documents préparer en priorité pour un contrôle TVA ?

Prévoyez la piste d’audit fiable (description des flux ventes/achats et contrôles), les journaux TVA, les factures émises/reçues, les extraits bancaires, contrats de vente/prestations, bons de livraison, preuves d’exonération (exportations, livraisons intracommunautaires), et les rapprochements entre comptabilité et déclarations (CA3/CA12). Assurez-vous de la cohérence des bases, du traitement des avoirs, des régularisations de TVA sur immobilisations et du suivi des mentions obligatoires de facture. Les ressources officielles rappellent ces exigences (TVA entreprises, piste d’audit fiable).

Que faire à réception d’une proposition de rectification (PRC) ?

Ne tardez pas: notez la date de réception, organisez les points par thème et priorités, et sollicitez, si besoin, un délai de 30 jours supplémentaire. Vérifiez la motivation, les bases légales, les calculs (droits, intérêts, pénalités) et réunissez les pièces justificatives. Proposez des régularisations ciblées pour les points non contestés et construisez un argumentaire juridique et factuel pour les autres (doctrine BOFiP, jurisprudence). Selon la nature des désaccords, évaluez la saisine d’une commission compétente. En cas d’issue défavorable, préparez la réclamation contentieuse et le sursis de paiement sous garanties.

Contrôle fiscal et facturation électronique: quels impacts dès 2025 ?

Même si l’obligation généralisée est programmée progressivement, la préparation doit être engagée en 2025: cartographie des flux, choix des solutions (PDP/PPF), conformité des mentions de factures, intégration des contrôles TVA, et traçabilité des échanges. La facturation électronique facilitera les contrôles par l’administration (cohésion données TVA–comptabilité–FEC). Anticipez la mise en qualité de vos données et procédures. Tenez-vous informé de la feuille de route officielle et des dates actualisées sur la page dédiée de l’administration (facturation électronique).

L’accompagnement NBE Avocats

Cabinet d’avocats en fiscalité française et internationale, NBE Avocats intervient à chaque étape: audit flash de conformité, assistance pendant l’examen ou la vérification de comptabilité, stratégie de réponse à la PRC, discussion des pénalités, transactions et contentieux fiscaux. Nos équipes croisent compétences fiscales, internationales et numériques (sécurisation FEC, PAF, e-invoicing). Découvrez notre approche en Droit fiscal et en Droit NTIC, ou contactez-nous via la page Contact. Pour une première présentation du cabinet: NBE Avocats.

À retenir

• Le contrôle fiscal d’entreprise suit un cadre strict: avis, contradictoire, échanges et délais de réponse.
• Le FEC, la TVA et les flux intragroupe constituent des zones de risque majeures.
• Les risques financiers combinent droits rappelés, intérêts et majorations (10%/40%/80% selon les cas).
• La prévention passe par une PAF robuste, un FEC conforme, des liasses fiabilisées et une gouvernance des données.
• Des voies de discussion et de recours existent (observations, commissions, réclamation, transaction).
• Agissez vite et outillé: en cas de contrôle ou de doute, sollicitez un audit et un accompagnement dédié.

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