Droit fiscal

Contrôle fiscal entreprise : voici le guide 2025 pour comprendre, anticiper et se défendre. Vous trouverez ci-dessous les procédures, délais, droits et stratégies utiles pour maîtriser un contrôle, du premier avis jusqu’aux recours. Contenu informatif d’ordre général : il ne constitue pas un conseil personnalisé. Pour une analyse au cas par cas, prenez rendez-vous avec NBE Avocats.

En bref

• Deux modalités principales pour les entreprises : contrôle sur pièces, examen de comptabilité à distance, et vérification de comptabilité sur place, chacune avec des règles et garanties spécifiques.
• La période contrôlée est en principe de trois ans (N-1 à N-3), portée jusqu’à dix ans en cas d’activité occulte ou de certaines fraudes.
• La procédure contradictoire est encadrée par la Charte du contribuable vérifié, l’avis de vérification et des délais de réponse (30 jours, prorogeables).
• Les enjeux financiers combinent droits rappelés, intérêts de retard (0,20% par mois) et majorations (10%, 40%, 80% selon les cas).
• Une préparation documentaire (FEC, justificatifs, prix de transfert) et une défense structurée limitent les risques et ouvrent des marges de négociation.

Les formes de contrôle fiscal applicables aux entreprises

Contrôle sur pièces

• Réalisé par l’administration depuis ses bureaux à partir des déclarations (IS, TVA, retenues à la source, etc.) et informations détenues.
• Peut déboucher sur des demandes d’éclaircissements ou de justifications. Répondez dans les délais indiqués, en fournissant des pièces probantes.

Examen de comptabilité (contrôle à distance)

• L’administration demande le Fichier des Écritures Comptables (FEC) et procède à un audit numérique sans déplacement.
• Les échanges se font par courrier et voie dématérialisée. À l’issue, soit absence de rectification, soit envoi d’une proposition de rectification.
• En cas d’empêchement (FEC non conforme ou imprésentable), vous vous exposez à des sanctions et à une taxation d’office.

Vérification de comptabilité (sur place)

• Débute par un avis de vérification et la remise de la Charte du contribuable vérifié. Débat oral et contradictoire avec le vérificateur, sur site.
• Pour les petites structures au régime réel simplifié, la durée de présence sur place est encadrée (principe des 3 mois).
• Portée : sincérité des écritures, cohérence des flux (banques, caisse, stocks), TVA, facturation, prix de transfert, provisions, immobilisations.

Autres prérogatives de l’administration

• Droit de communication (tiers, banques, plateformes), droit d’enquête (TVA), visites et saisies avec autorisation judiciaire (L.16 B LPF), flagrance fiscale.
• Ces procédures restent encadrées par la loi et la jurisprudence. Conservez systématiquement les accusés de réception et traçabilités.

Bon réflexe: identifiez dès l’avis reçu un pilote interne et votre conseil fiscal afin d’organiser la collecte documentaire et la stratégie de réponse.

Périmètre contrôlé et délais de reprise

• Principe: l’administration peut rectifier sur trois années civiles non prescrites (IS, TVA, CFE, etc.). Exemple en 2025: années 2022, 2023 et 2024.
• Allongements: jusqu’à dix ans en cas d’activité occulte ou de certains schémas frauduleux; délais particuliers en matière internationale.
• Les intérêts de retard sont calculés jusqu’au mois d’émission des avis de mise en recouvrement; la prescription interrompt si l’administration agit valablement.

Exemple chiffré: si 200 000 € de TVA sont rappelés sur 2023 et 2024, avec une proposition en juin 2025, l’intérêt (0,20%/mois) sera d’environ 2,4%/an, proratisé par période (soit un ordre de grandeur de 4 800 € pour 24 mois complets sur 100 000 €, à adapter à chaque ligne de rappel).Sources utiles:

• Charte officielle: Charte du contribuable vérifié
• Références légales: Code des procédures fiscales – Legifrance

Déroulement d’une vérification de comptabilité: étapes clés

1) Avis de vérification et préparation

• Réception de l’avis (objet du contrôle, période, identité du vérificateur). Vérifiez la période, la signature et demandez, si besoin, un report motivé.
• Préparez: FEC, annexes, grand-livre, pièces justificatives, contrats, tableaux d’inventaire, états de rapprochement, liasses (2065/2031/2035), déclarations de TVA (CA3/CA12), retenues à la source.

2) Ouverture et débat contradictoire

• Réunion de lancement: compréhension de l’activité, périmètre, méthodes de reconstitution envisagées, calendrier.
• Sur place, la durée est encadrée pour certaines petites entreprises; documentez toute demande et réponse. Assurez un interlocuteur unique formé.

3) Focales techniques fréquentes

• TVA: factures obligatoires, droit à déduction, prorata, véhicules de tourisme, flux intracommunautaires, prestations immatérielles.
• IS: prix de transfert, provisions déductibles, charges mixtes, réintégrations extra-comptables, charges non déductibles.
• Retenues à la source: flux sortants (dividendes, intérêts, redevances).
• Actifs numériques: traçabilité des wallets, valorisation, modalités de conservation des justificatifs.

4) Clôture de la phase d’examen et suite

• Issue favorable: absence de rectification (avis d’absence de redressement).
• Sinon: proposition de rectification motivée. Délai de réponse: 30 jours, prorogeable de 30 jours sur demande motivée.

5) Échanges contradictoires et avis des commissions

• Vous pouvez solliciter le supérieur hiérarchique, l’interlocuteur départemental, et saisir la commission compétente (impôts directs et TVA; nationale pour certains dossiers complexes).
• Les commissions se prononcent sur des questions de fait (méthodes, valorisations) et influent sur la charge de la preuve.

6) Mise en recouvrement et contentieux

• Après la phase contradictoire, émission de l’avis de mise en recouvrement.
• Voies de recours: réclamation contentieuse (sursis de paiement possible sous conditions de garanties), puis juge administratif pour IS/TVA.

Pour un accompagnement dédié, consultez la page Droit fiscal – NBE Avocats.

Obligations comptables et documentaires à sécuriser en 2025

Fichier des Écritures Comptables (FEC)

• Obligatoire pour tout contribuable tenant une comptabilité informatisée. Format strict (colonnes, encodage, unicité des écritures).
• En examen de comptabilité, le FEC doit être transmis dans les délais. Un FEC non conforme ou inexploitable accroît sensiblement le risque de rectification.
• Ressource utile: BOFiP – Bulletin officiel des Finances publiques.

Dossiers de prix de transfert et documentation internationale

• Obligations renforcées pour les groupes d’envergure (seuils légaux; documentation “master/local file”). Le défaut de production peut entraîner des pénalités spécifiques et inverser la dynamique du débat.
• Enjeux: méthode (CUP, coût majoré, TNMM), comparables, tests de pleine concurrence, contrats intragroupe, avantages économiques.
• Référence internationale: OCDE – Transfer Pricing Guidelines.

Archivage, piste d’audit et facturation

• Conservez la piste d’audit fiable: devis/bon de commande/bon de livraison/facture/règlement, y compris pour les ventes en ligne.
• Facturation électronique B2B domestique: la réforme française est reportée; anticipez néanmoins la structuration des données (identifiants, nature des flux), utile aussi en contrôle.

Conseil pratique: effectuez un audit “pré-FEC” pour corriger les anomalies formelles (dates, journaux, lettrages, identifiants) avant tout envoi.

Sanctions financières: intérêts, majorations et transactions

• Intérêt de retard: 0,20% par mois (soit 2,4%/an), calculé jusqu’à la mise en recouvrement.
• Majoration (selon les cas): 10% (défaut ou retard après mise en demeure), 40% (mauvaise foi), 80% (manœuvres frauduleuses, activité occulte, opposition à contrôle).
• Remises et transactions: sous conditions (bonne foi, régularisation, premier manquement), l’administration peut proposer une transaction (L. 247 LPF). Une défense argumentée et sourcée augmente vos chances.

Exemple: rappel IS de 100 000 € (exercice 2023), proposition en juin 2025, mauvaise foi retenue: intérêts env. 4,8% sur 2 ans = 4 800 € + majoration 40% = 40 000 €, total avant négociation ≈ 144 800 €. Des concessions peuvent être obtenues si vous documentez et sécurisez vos positions.

Droits et garanties du contribuable vérifié

• Charte du contribuable vérifié: remise obligatoire. Elle récapitule garanties, délais, voies de recours et modalités de contrôle.
• Débat contradictoire: droit d’être entendu, de présenter observations et pièces; en cas de désaccord, possibilité d’échange avec le supérieur hiérarchique et l’interlocuteur départemental.
• Sursis de paiement: en cas de réclamation, vous pouvez demander le sursis (garanties pouvant être exigées). L’intérêt de retard continue à courir.
• Assistance par conseil: vous pouvez vous faire représenter par un avocat à toutes les étapes. Découvrez l’expertise transversale du cabinet, notamment en Droit NTIC pour les problématiques de données et actifs numériques.

Références:

• Charte du contribuable vérifié (DGFiP)
• Code des procédures fiscales – Legifrance

Bonnes pratiques pour préparer et piloter un contrôle

• Cartographier les risques: TVA (prorata, flux UE, e-commerce), charges non déductibles, management fees, prix de transfert, immobilisations et amortissements.
• Mettre à jour les procédures: délégations de signature, validation des factures entrantes, piste d’audit, justification des remises et avoirs.
• Documenter les positions sensibles: notes internes datées, comparables, rescrits éventuels, analyses juridiques.
• Tester le FEC et la cohérence des liasses: réconcilier les déclarations TVA-IS, la banque et la comptabilité, anomalies de lettrage.
• Former les équipes: savoir répondre aux demandes, tracer les échanges, centraliser les pièces.

Pour une revue de conformité ou une stratégie de défense, prenez contact via la page NBE Avocats – Accueil.

Exemples concrets de situations et réponses adaptées

• Distorsion marge brute: l’administration reconstitue un chiffre d’affaires à partir des achats. Réponse: justifier remises exceptionnelles, démarques, invendus, stocks et variations de prix; produire pièces d’inventaire et contrats.
• TVA sur services intracommunautaires: mauvaise localisation de la TVA. Réponse: démontrer la qualité assujettie du client, acquisition de preuves matérielles (numéro de TVA, contrats, logs).
• Management fees intragroupe: contestation de la réalité de la prestation. Réponse: fournir contrat, livrables, calendrier, clés d’allocation, comparables.
• Crypto-actifs: traçabilité insuffisante. Réponse: extraire l’historique on-chain, justificatifs de custody, valorisations par plateforme, rapprochement des flux fiat.

Calendrier déclaratif: repères utiles (illustratifs)

• Liasse fiscale: dépôt via TDFC en principe dans les trois mois de la clôture; pour une clôture au 31/12, dépôt au plus tard début mai (formulaire 2065 pour l’IS; 2031/2035 selon régimes IR).
• TVA CA3: selon la périodicité (mensuelle/trimestrielle), échéance généralement le mois suivant via téléprocédure.
• Retenues à la source: déclarations spécifiques selon la nature du flux (intérêts, dividendes, redevances) avec paiement concomitant.

Ces repères varient selon régime et options; vérifiez les échéances sur impots.gouv.fr et anticipez la production de pièces. En cas d’écarts déclaratifs, régularisez rapidement pour limiter intérêts et majorations.

FAQ

Comment se déroule un examen de comptabilité à distance et quels sont les pièges à éviter ?

L’examen de comptabilité démarre par une demande de transmission du FEC. L’administration procède ensuite à des tests automatisés (cohérence dates, soldes, lettrages, anomalies de numérotation, rapprochements TVA/IS). Les principaux pièges sont la non-conformité formelle du FEC, des écritures en doublon, des justificatifs incomplets, et des incohérences entre liasses et TVA. Anticipez via un audit “pré-FEC”, corrigez les anomalies et préparez une note de lecture expliquant les spécificités de votre activité et vos options fiscales.

Quels sont les délais pour répondre à une proposition de rectification et peut-on les prolonger ?

Le délai standard est de 30 jours à compter de la réception. Vous pouvez solliciter une prorogation de 30 jours motivée. Profitez-en pour bâtir une réponse structurée: rappel des faits, fondements juridiques, pièces annexes (contrats, états comptables, justificatifs), et, si besoin, contre-expertise. En parallèle, demandez un entretien avec le vérificateur et, si le désaccord persiste, avec le supérieur hiérarchique. La qualité de l’argumentation et des preuves détermine souvent l’issue.

Quelles pénalités s’appliquent en cas de redressement fiscal d’entreprise ?

Outre les droits rappelés, s’ajoutent les intérêts de retard (0,20% par mois). Des majorations peuvent s’appliquer: 10% en cas de manquements simples après mise en demeure, 40% pour mauvaise foi, 80% en cas de manœuvres frauduleuses/activité occulte/opposition à contrôle. L’administration apprécie au cas par cas selon les éléments matériels et l’historique du contribuable. Des remises ou transactions sont envisageables si vous démontrez la bonne foi, sécurisez vos pratiques et régularisez promptement.

Quelles sont les obligations de documentation en prix de transfert pour 2025 ?

Les groupes d’importance significative doivent disposer d’une documentation prix de transfert à jour (master file et local file), cohérente avec les états financiers et les contrats intragroupe. En France, des seuils légaux conditionnent l’obligation et la forme; l’absence ou l’insuffisance de documentation expose à des pénalités spécifiques et renforce la position de l’administration. Mettez à jour les analyses fonctionnelles, méthodes (TNMM, CUP, etc.), comparables, et tests de pleine concurrence chaque année.

Que faire si je reçois un avis de vérification en pleine période de clôture comptable ?

Contactez immédiatement votre conseil pour demander, si justifié, un report de l’ouverture du contrôle. Mettez en place une cellule dédiée, priorisez la production du FEC et des états standard (balance, grand-livre, journaux, rapprochements bancaires, inventaires). Établissez un calendrier de réponses et organisez la data room. Si certaines pièces ne sont pas disponibles à bref délai, signalez-le formellement et proposez une date ferme. Gardez une communication factuelle et documentée.

À retenir

• Anticiper réduit le risque: audit “pré-FEC”, cohérence TVA/IS, dossiers de prix de transfert.
• Maîtriser la procédure: avis, charte, délais de réponse et voies de recours sont vos garanties.
• Chiffrer les enjeux tôt: intérêts et majorations peuvent dépasser 30–40% des droits rappelés.
• Documenter vaut mieux que promettre: contrats, preuves de services, piste d’audit et archivage sont décisifs.
• Négocier quand c’est possible: échanges contradictoires, commissions, transaction fiscale.

Pour sécuriser votre situation ou préparer votre défense, contactez le cabinet via la page Prendre contact avec NBE Avocats ou découvrez notre expertise en Droit fiscal. Contenu informatif et non exhaustif: un conseil adapté nécessite une étude personnalisée.